各种真菌的形态结构有其一定的特殊性，一般可以通过直接镜检和培养进行鉴定，但具体方法应根据标本种类和检查目的而异。

标本

　　浅部感染真菌的检查可用70％乙醇棉球擦拭局部后取皮屑、毛发、指(趾)甲屑等标本。深部感染真菌的检查可根据病情取痰、血液、脑脊液等标本。

直接镜检和意义

　　皮屑、毛发、指(趾)甲屑等标本置玻片上。滴加10％KOH少许，以盖玻片覆盖后在火焰上微微加温，使被检组织中的角质软化。轻压盖玻片，使标本变薄透明，然后在低倍或高倍镜下检查。若见菌丝或孢子，即可初步诊断患有真菌癣，但一般不能确定其菌种。皮肤癣标本检查常用湿标本，不加染色。假丝酵母菌感染则取材涂片，行革兰染色；隐球菌感染取脑脊液离心。沉淀物用墨汁作负染色后镜检。沙保培养基上，25—28℃数日至数周，观察菌落特征。必要时做小培养，于镜下观察菌丝、孢子特征进行鉴定。阴道、口腔粘膜材料可用棉拭子直接在血平板上分离。若为血液需先增菌，脑脊液则取沉淀物接种于血平板上37℃培养。若疑为假丝酵母菌取菌落研种于0．5ml血清试管内，37℃1h后涂片革兰染色。见有假丝酵母菌细胞长出芽管即可初步鉴定为白假丝酵母珠菌。