常用的方法有Northern印迹、斑点印迹、RT-PCR、原位杂交、原位PCR、RNA半寿期的检测和进行中的转录分析(run on assay)等。

　　1．Northern印迹杂交

　　方法学与Southern印迹相似，只是将检测的对象由DNA换成RNA。本方法有一定的限制性，因为mRNA的稳定性及其降解速率直接影响细胞内mRNA的积累量，因此用细胞总RNA作Northern印迹杂交，其结果不能完全反映mRNA的转录活性。

　　2．反转录PCR(RT-PCR)

　　细胞因子的mRNA寿命短、拷贝数低，难以在小量样本中进行检测。RT-PCR能检测细胞内低丰度特异mRNA的方法。首先以总RNA为模板，在逆转录酶的催化下，合成与RNA互补的cDNA，然后以cDNA为模板，用PCR技术对靶序列进行扩增，使微量细胞因子的mRNA经放大后检出。

　　目前最为先进的基因芯片（chip）技术也可以用于细胞因子的DNA或RNA的检测。